中国科学院深海科学与工程研究所（英文名：Institute of Deep-sea Science and Engineering，Chinese Academy of Sciences；缩写：IDSSE，CAS），位于中国海南省三亚市鹿回头半岛，是中国科学院2011年启动筹建，并由海南省人民政府、三亚市人民政府和中国科学院三方联合共建的，直属中国科学院的科研事业单位。
  
  一、研究所定位
  
  利用地域位置，避开传统领域的竞争，形成专业特色，营造文化优势，进入国际前沿，在我国最为临近深海的省份建立完备的国立深海研发基地，成为国家深海研发试验的共享开放平台，填补我国深海战略上的地域空白。
  
  突破大深度海洋研究的禁区，突破海洋科学与工程之间，深海科学、深海工程技术研发与海上作业试验之间长期以来相互割裂的障碍，以深海、科学与工程技术的结合、共享与开发平台为基点，构筑科学研究-工程技术-深海作业融合性体系，强化中科院在我国深海事业中的战略性地位。
  
  通过牵头组织重大项目，挖掘和促进我院目前非涉海科研团队在海洋科学和工程方面的研发资源和潜力，形成科学院综合优势，增强我院在国家深海战略中的集团性力量，引领我国深海科学、深海技术、资源开发利用和产业化发展。
  
  二、建设目标
  
  建设集深海科学研究、工程技术开发成果转移转化、科技服务和人才培养于一体的海洋科技创新基地；建设中国深海科学与工程技术核心研发基地、深海技术试验基地、海洋战略思想库和科普教育基地；建设国际深海科学与工程领域有重要影响力的研发机构、教育和公共服务中心；引领我国深海科学与工程技术研发方向，打造具有一流成果、一流效益、一流管理、一流人才科研机构。
  
  三、重点领域布局与组织架构
  
  依靠深海工程技术与装备、实验平台和基础设施，结合所处的区位优势，开展相关深海科学问题研究，以科学问题引领技术创新，以技术提升带动科学研究深入发展。
  
  在深海科学研究方面，重点开展与物理海洋、海洋地质、海洋化学及海洋生物相关的深海科学问题研究，以深海环境与生态过程、深海地质构造、沉积演变及其油气矿产资源、深海环境下的生物学特征为主要研究方向，致力于深海核心科学问题的解决，并促进与深海科学研究相关的深海工程技术与装备设备研发。
  
  在深海工程技术方面，主要包括：海洋多参量智能测量与传感器技术及装置（深海环境探测、原位分析装置及传感器技术、成像与可视化技术等）；深海生物资源探测技术与系统，深海低温高压、高温高压体系的物理、化学及生物学的实验模拟技术；海洋观测、定位的网络系统技术与方法（海底观测网络的构建与接驳技术，深海信息传输，海洋环境立体观测一体化技术，信息多层次集成与应用服务系统技术）；水下作业潜水器、潜标系统集成及应用技术（小型深海作业平台及运载技术、能源、材料与密封技术、水下滑翔机、浮标/潜标技术）； 深海科学研究和深海资源开发的作业装置和工具（各类保真采样、原位监测与实验技术及装置）；海洋油气、矿产勘探开发新方法、新技术与系统。
  
  重点建设深海科学研究部、深海工程技术部和海洋装备与运行管理中心三个主要业务单元。其中：深海科学研究部下设深海生物学研究室、深海地质与地球化学研究室、深海地球物理与资源研究室、海洋环流观测与数值模拟研究室、深海极端环境模拟研究实验室、地外海洋系统研究室和分析测试中心7个基本研究单元；深海工程技术部下设深海探测技术研究室、深海信息技术研究室、深海资源开发研究室、深潜技术研究室和工程实验室5个基本研究单元；海洋装备与运行管理中心主要围绕科考船舶、深海装备、科研码头等资源，开展建设和运行的组织管理和协调工作，管理船舶航次、提供科考作业技术支持，为科学考察和研究提供应用平台和技术保障，同时负责船员和工程技术人员的管理和培训。
  
  四、运行管理机制
  
  研究所实行所长负责制，所长由中国科学院任免。设立研究所学术指导委员会、专家咨询委员会，共同参与研究所的发展与战略管理。建立中国共产党基层组织，党组织负责人按规定程序产生，接受院党组和地方党委领导。
  
  研究所建立体现“职责明确、开放有序、评价科学、管理规范”原则的研究所法人治理结构，按中国科学院有关管理规章制度，实施有效管理。
  
  研究所运行主要由研发和管理支撑两大体系组成。研发体系包括深海科学研究部、深海工程技术部和海洋装备与运行管理中心。管理支撑体系包括五个职能部门和文献信息中心。
  
  五、人才队伍
  
  2015年6月，研究所正式获得中编办批复，定名为“中国科学院深海科学与工程研究所”，正式编制300人，流动编制350人。截止2015年底，研究所已汇聚一批国内外海洋科学与工程领域科学家，到位职工141人。其中，百人计划7人，科研骨干（正研、副研）具有国外学历和履历的占75%，正研达92%。硕士以上学位拥有者占总人数70%。在读研究生33人。
  
  六、园区建设与规划
  
  研究所在三亚市鹿回头区域完成科研园区的基础条件设施、通用和专用实验设施建设，建设用地约105.866亩；在三亚鹿回头区域规划B14地块同时在建固定科研人员、流动科研人员科研辅助生活设施园区，约90亩；在科研园区周边及邻近海域，规划进行用于深海科学与工程岸基实验平台设施的建设，包括科学院海洋科学考察船南海码头，备航、设备维护设施，深海观测、探测技术装备的总装调试海水实验区等。